日人對淡江中學的接管根本就是強取豪奪，教士會將兩校校地以九萬元銀行券讓予日人，而兩校之一切建物及設備，也以無償讓渡供其使用，介於兩校間的婦學堂，也強制移讓其校地。其實，光兩校的地皮在當時至少值四十萬以上之銀行券。這個產業的損失對偕叡廉來講更是刻苦銘心，除了有他家族捐出的五千坪土地，也是他辛苦經營、對外募款和二十多年歲月的投資換來的，上面的人、事和一草一木是不能用錢補償的。

淡水中學自開校到1935年間，除短時間偕叡廉不在台灣，由其他宣教士代理過之外，校長一職都由偕叡廉擔任，對中學發展貢獻最大。失去淡江中學後的偕叡廉，除了淡水教會的事已相當輕鬆，1938年他第三次回國有兩年之久，除了和他們在加拿大受高等教育的五個子女團聚。1939年6月30日 他在新倫敦新詹姆士教會，由奧蘭多倫敦長老教會封與他牧師聖職。

同年(1939年)11月4日 他回國時形勢已相當吃緊，德軍入侵波蘭後更是變本加厲，各地排英、排美相當激烈，外國宣教士受到嚴密監控，美國國務院和英國領事館都已勸他們盡速返國。實際上教士會早已悟到這種形勢發展，早在1937年（淡中被奪後）2月在第41回北部中會時，教士會已將台北神學校、淡水婦女義墊兩校轉讓北部中會經營。1940年10月19日 教士會更將其所剩之土地、建物、備品，及一切經營事業無償讓渡北部教會。月底，孫雅各牧師返美，他已在5月辭去台北神學校校長，推薦日人大川正教授接任了。而11月22日，[當日本在全國熱烈慶祝「日本紀元二千六百年式典」，台灣教會代表也到東京參加「奉祝會」時，按式典．慶祝會是11月10．11日舉行]南部來的萬榮華牧師等五位宣教士抵台北並夜宿淡水，翌日自基隆搭船離台。

三天後(1940年11月25日)，北部教會也在下午4點，在台北神學校舉行加拿大宣教士返國歡送會。接著戴仁壽夫婦、杜道理姑娘、蘭姑娘和朱姑娘相續離台，而偕叡廉夫婦在淡水教會的惜別會後最後一個返加拿大。

1941年12月8日，日本偷襲珍珠港、太平洋戰爭爆發，英美正式成為「鬼畜英美」的敵人，偕叡廉下次再回台是6年以後的事了。