1865年7月中旬，馬雅各醫生被迫撤離府城（台南），就決定在「打狗」（Takao）—其實是旗後—重新佈署。在旗後，有領事常駐，有英商天利行（Messrs.
Mcphail& Co.）可協助。
不久，杜嘉德牧師離別返回廈門。馬雅各醫生就先租一屋居住，利用其廳，星期日為幾位英籍民舉行禮拜，週日為當地住民醫療疾病。通過醫療，他逐漸獲得民眾之心；為了救靈，他也努力傳福音。他一人兼兩職，是醫生，也是傳道者—
不過他非牧職，不能施洗主持聖餐。
1865年12月（同治4年11月），馬雅各醫生在旗後終於租到一座兩進的厝，可任意改造起蓋了。業主是呂魁，其所立永遠租給約據如左：
「立永遠租給約據呂魁，今有同治4年間，承父分遺厝屋一座兩進，坐址在街仔內大竹里歧後地方。其厝屋前至街路，後至謝宅，左至蔡家，右至街路水溝，上至椽瓦，下至地，自願永遠租給英醫生馬雅各代耶穌聖教。當日收足永遠租銀5百50元68平：其厝屋內所有，聽憑英醫生馬雅各撤改，隨便起蓋禮拜堂厝，傳道理居住。自收足永遠租銀之後，醫生馬雅各永不納租，呂魁亦不得別生枝節；唯來歷不明以及重張典掛，嗣後有人爭執言說，則呂魁當出頭承當，與英醫生馬雅各毫無干涉。至該業今欲有憑，立此永遠租給約據一紙，並上手老契3紙，統付為照。同治41月x日。中友：葉仰號，葉心；在見母陳氏；代筆：蔡仁；崎後汛官：黃日陞：立永遠租給約據：呂魁」。（台灣私法）所收載此約據，可能就是台灣長老會訂約最早者之一，故錄其全文。永遠租給，差不多就是買斷。又請注意「耶穌聖教」的字眼。
1866年6月，馬雅各醫生在其所租的地建竣禮拜堂（Edward
Band, Working His Purpose out, p.76）。這是長老教會在台灣建築的第一間禮拜堂！馬雅各醫生高與地向母會宣道會理事Matheson氏寫信略云：「打狗雖然不能說比台灣的其他任何所在清潔，但至少尚適合宣教之推行及同工健康之維持。助手們感覺新厝舒服多，而我本人也常與前租用月50元租的厝來作比較。房間也廣闊，最近下午的聚會有時有50人出入，但仍可使眾注意聽道。醫療事工也順利地進展……」（Jas.
Johnston, China and Formosa,pp.170-l71）。
