外交部過去保管清季總理各國事務衙門檔案,於民國44年(1955)移交給中央研究院近代史研究所。此項檔案,包括原檔及清檔(就原檔騰清裝訂成冊者),其史料價值甚高。為了公開史料,該研究所從事其整編與刊佈;已刊行者有《海防檔》、《礦物檔》、《四國新檔》、《越南檔》、《清季中日韓關係史料》、《教務教案檔》等。其中涉及台灣的文件,雖然不如其他沿海沿江各省為多,但仍相當可觀。若要研究清季台灣教會史,尤需要參考《教務教案檔》。
《教務教案檔》中有關台灣史事者計有:
-
同治6、7年間英商寶順行(Dodd & Co.)在艋舺租屋案,
-
同治6、7年間南部各縣之教案與各地洋行購運樟腦等案,
-
同治13年嘉義縣白水溪禮拜堂被燒毀案,
-
光緒2年三重埔禮拜堂被打壞匾額扯破戒律案,
-
光緒2年淡水李東面父子恃教橫行就地正法案,
-
光緒3年偕叡理教士在艋舺租屋傳教糾紛案,
-
光緒6年英國教士在台灣縣購地建蓋女學堂被紳民阻止改建義塾案,
-
光緒13年日斯巴尼亞(即西班牙)教士阿倫士在大稻埕建立教堂遭受反對約定章程平息案,
-
光緒13年議結中法戰爭期間台北等地被毀教堂7處各案,
-
光緒18年日斯巴尼亞教士林茂德在彰化干預公事庇護教民台灣巡撫照請日(即西班牙)國領事撤換案,
-
光緒19年台灣巡撫邵友濂咨報18年秋季全省教堂與19年新增教堂,
-
光緒20年雲林縣日斯巴尼亞教士高熙能抗議該縣發教民書有「入番教」字樣之門牌案。
在近代史研究所主持整理《教務教案檔》者,先為張貴永,後為呂實強。呂實強在其「總理衙門檔案中有關台灣之史料」(《台灣人文》創刊號、民國66年10月),列舉《教務教案檔》的有關史料外,並云:「在這些案件中,有的事情較為單純,有的則涉及甚為複雜,除民教衝突本身之外,尚反映出許多當時地方政治與社會基層的實際情況與問題。復由這些文件之中,多半均為地方政府以至涉及當事人的報告與陳述,所以也能大為增加對這些史實瞭解的程度,而有助於提供新的解釋,或者修正舊的缺誤」。
呂實強撰「偕叡理教士在艋舺初創教堂的經過」(《台灣文獻》19卷1期、民國57年3月),是利用《教務教案檔》的文件以及其他資料,並偕牧師之著作,對於這一段史實與其前因後果,加以力求客觀的探討者,值得一讀。
《台灣教會公報》1959期 1989年9月17日