咸豐8年（1858年），中俄、中美、中英、中法天津條約，都准許外人在華各地傳教的權利。中法天津條約第13款：「天主教原以勸人行善為本，凡奉教之人，皆獲保佑身家，其會同禮拜誦經等事，概聽其便。凡按第8款備有蓋印執照安然入內地傳教之人，地方官務必厚待保護。凡中國人願信崇天主教而循規蹈距者，毫無查禁，皆免懲治。向來所有或寫或刻奉禁天主教各明文，無論何處，概行寛免」。
咸豐9年（1859年）入台重開傳教的教士，是否得到地方官憲保護？郭德剛神父（Fernando
Sainz）深入萬金庄向平埔族佈教是咸豐11年（1861年）。翌同治元年鳳山知縣接報，即委員偕下淡水縣丞，趕往萬金調查，召見通事潘水泉、土目潘岐山，以「非通商之埠，外人不得居住」為理由，責令二人將郭神父逐出。旋經交涉，郭神父再進入萬金。同治4年（1865年2月1日）萬金天主堂附近發火，險遭燒毀，復因一客家人之死，客家人與平埔族信徒的對立高升，天主堂被襲擊。同治5年（1866年11月29日）天主堂再度被襲擊，適郭神父外出在歸途中被暴民綁去萬丹，好在得打狗英事之助，鳳山知縣才勒令暴民釋放郭神父。
同治3年（1864年）由良揚神父（Francisco
Herie）開設的溝仔墘（又名郊墘，屏東縣竹田鄉）佈教所，三次遭破壞焚燒；重建的新堂也於同治7年（1868年）再遭暴民放火而焚毀。良揚神父欲前往抗訴，被圍住險得挨打。
在府城（台南），同治5年（1866年）郭德剛神父在八吉境地方向民婦陳氏租用民房一座開始傳教，舉人吳尚震等呈請勒遷，台灣府由此禁天主教在城內佈教。經抗議始得在小東門外設立天主堂及孤兒院。然郡城謡言四起轟傳教士毒害良民，小東門外天主堂遂於同治7年3月（1868年）被暴民拆毀。
關於鳳山縣溝仔墘及府城小東門外天主堂被毀案，經交涉賠給天主教會銀2000千元而結案。被台灣縣拘提的肇事人是革兵葉連升、蔡朝寶、沈成德，民人許場、陳閣來、周至、莊統、郭發等八名；被鳳山縣拘提者有李雹（又作梁雹）、陳賀仔（又作陳烏江）2名，各以杖100，加枷號兩個月，滿日折責發落。
