潘明珠於1898年4月2日受封牧,就任林後、東港、阿猴(屏東)、杜君英及建功庄五堂會之牧師(《教會史話》 406)。說是五堂會,實際上要牧管的有九教會,就是林後、東港、阿猴、建功庄及杜君英分開所設之內埔及中林(參見《教會史話》 424),再加上鹽埔仔、琉球友竹仔腳-三支會。潘明珠坐鎮於林後。
當時除建功庄有缺額外,其他各堂都派有傳道師。潘牧師到任後略有調動,其配置就是東港趙挽、阿猴吳葛、內埔張安買、中林王希賢、鹽埔仔劉沃、琉球李豹,及竹仔腳彭士藏。只有牧師有權施洗禮、接納入會及主持聖餐。
是年5月1日南部教曾首次普查「來禮拜的人數」,統計各堂上、下午來禮拜者,分男、女、兒童及總數(見《台南府城教會報》一五九卷,1898年6月,p.46~47)。下午來禮拜者稍少於上午。表上的各堂上午來禮拜者總數是林後48、東港93、阿猴67、建功庄37、杜君英(內埔、中林合併計算)89、鹽埔仔50、琉球15、竹仔腳55。
要巡迴牧養九堂並不簡單。潘牧師的首次巡迴,是於1898年,5月初旬(舊曆閏三月半)出發,到7月底(舊曆6月13日)才巡完,每一地滯留一週或二週,有時遇風雨溪流阻擋不得不多滯留。其報告的慨要,見於《台南府城教會報》一六三卷(1898年10月,p.76-77)。
據他的計算,這九堂聽道理的超過650人,這次求洗禮的就有69人,他接納25人入會(包括「堅信」者5人),幼洗21人。可喜的現象就是大家相當注重白話字教學,週內舉行夜間禮拜的家庭不少,長執會友共勵相助(如探訪病患或禮拜缺席者、助貧),當職者有輪流出門佈道。他也注意到只想要靠教會勢力來減輕負擔的人減少,而在受苦難堪之間仍堅守信仰的,及肯盡其所能奉獻金錢為教會之用者增多了。
不過,他也擔憂會內受禁聖餐者及不守安息日者有相當多的問題,加入成會的成人共有二百六十多人,受禁聖餐者就有十多人,也有很多人久久不來禮拜,也有很多人不聽教會的勸勉在禮拜日開店作工。
有些救會,如琉球及建功庄,會友數未曾增加反而減少,或就是長輩未注重教育、不大關心子弟守禮拜之後果(參見《教會史話》 429)。有設小學的只有一堂,由傳道師兼教導兒童約有三堂(阿猴、東港、竹仔腳),小學師資確實甚缺。教會也缺少祈禱會的活動……。
潘明珠牧師雖極忙於牧養五堂會(九教會),仍推動要在萬丹創設教會(見《教會史話》 443),其宣教熱忱誠可稱也。