馬偕在艋舺祖師廟旁草店尾街租屋傳教施診施藥，而引起嚴重民教衝突，經外交交涉而結案，其經過有「教務教案檔」（卷三）可稽，以下分段簡述其經過。為對比方便，我將日期換算，以公元年陽曆示之（中國曆日以括弧示之），並請和馬偕日記的記載對比（見《教會史話》 546）
一八七七年九月七日（光緒三年八月初），教民陳永順向鄭筆（即鄭士筆）租得祖師廟旁草店尾街面街的一店房。雙方議定，租金年四十四元，租期二年，先收定金二十元，於兩個月後，出鄭筆將房屋整修並將屋頂昇高，再將兩年租金全部付清。並註明地基主（林合即林瑞茂）如有異議，亦由屋主（鄭筆）負責解決。此項由教民租屋供馬偕傳道的消息，立即引起艋舺紳民注意。
九月九日（8月3日）馬偕在新租之屋傳教施診施藥，白日尚平靜無事，傍晚便有民眾多人，擁集於此屋之前，警告馬偕（檔案作偕教士）決不許他在艋舺設立教堂，如馬偕堅持不移，必將該屋拆毀，並將他逐出艋舺。當晚馬偕急報英國滬尾領事館。
九月十日（8月4日）晨署副領事司格達（B.
C. George Scott）趕抵艋舺瞭解該詳情後，十一日（8月5日）赴見台北府署府知向燾，同燾一面飛函淡水廳通知陳星聚來艋舺處理，一面請司格達勸馬偕暫緩在艋舺開堂設教。
九月十二日（8月6日）陳星聚自竹塹啟程，十三日（8月7日）趕抵艋舺，即諭飭民間嚴禁滋事，並力行疏導勸說。艋舺紳商士民紛紛上稟，反對教民陳永順將租得房屋供教士設立教堂，而房主地主亦均稱不願出租欲留自用。三邑公稟稱：「該草店尾街正為將來應試文武童生寓所之地……若一經開考士子聚集難保無滋生事端，貽累街眾，又聞洋人欲將該店加高修理，左右鄰舍皆以有礙方向為懼，以此眾口囂囂，難以言喻……」。檔案收有陳星聚致司格達照會，司格達駁復函，再照會、再函…‥多件，我不擬一一引述。先是陳星聚列陳紳民反對的理由，申明嚴加諭禁不准恃眾生事，但也表示「租地賃屋兩造均是華民究與教士尚無交涉……祈傳知教士諭令教民各遵和約而杜爭端……」。司格達自不能同意，而一一辯駁。認為屋主地主表示悔約或反對，不過為地方反教紳民所迫。又說欲留該地為考寓試館，何不先議於教民
未租之先，而必欲爭於教民立約承租開設教堂之後？此中有意阻撓，設詞抵塞，暗藏阻教之形，不言而喻。至於居民方向有礙一層，則表示偕教士稟告教堂並不加高於眾屋之上。陳星聚再三開導無效，乃希望司格達能勸馬偕另行擇地租屋，卻無法在艋舺找出一屋供用。陳云：「艋舺地小民稠，只此方隅之地，營地兵房之外，餘盡郊鋪民居，各住眷屬，因此租賃為難」：馬偕和司格達自不同意，仍堅持教民陳永順之租屋為有效，必使用該屋傳教。
同年十二月九日（11月初5），馬偕就在該屋再行開始傳教了。（結果如何，見續話）
