黃彰輝辭去了台南神學院，就到英格蘭。他的新職務是在普世教協會裡的神學教育基金會任副主管。不過他的辦事處是由他自己選擇的地點，工作方式與職務分配，除駐在紐約的主任(白人)以外都由他負責。紐約辦事處與主任的主要職務，是做基金的掌理與款項的捐募。黃彰輝就設立了往後持續14年期間輔導世界神學教育活動的中心於肯特州布崙里市倫敦路13號的一所教會。他選肯特的另一重要理由就是因為黃家已經在該州的南端西福市(Seaford)買下了房屋，慰爾與兒女們也已經在那裡定居了好幾年。

神學教育基金會是1957年年底至1958年年初，在非洲的Ghana開國際宣教協議會（International Mission Council）時創設的。國際宣教協議會決定將該團體合流於普世教會協會的當時，特地為了『第三世界、宣教區、年輕教會』開創最有效的『自立、自傳』的方法，就是設置為『努力趕上途中』的教會養成：訓練神學生或在職傳道者的機構。扮演創始的演員，大多數都是歐美的『老先輩們』，而其中從北美參加的，有United Board of Higher Education，尤其是做主席的Dr. Henry Pitney Van Dusen，因為受Van Dusen的器重，在他展開的翅膀，黃彰輝也受邀請參加Ghana的協會，而且在那會裡，被選做神學教育研究基金會的理事之一。這樣的背景讓黃彰輝得到稀有的機會，有參與開創的盛舉，並且於19年後的1977年，他領導了神學教育基金會的結束，勇於退讓給神學教育輔導會來繼承。

開創的最初期的主任幹事是Charles Ranson博士，他於紐約設了辦事處，至於有幾位副主任，任事多久，筆者沒作考究。Dr. Ranson他曾於1956年，與黃彰輝一起在泰國的曼谷開了第一次的東南亞神學研討會。當時，在整個亞洲，還沒有授與道學碩士班課程的神學院，但是，從那一次的研討會，東南亞神學教育院校開始，發動聯繫合作。就在翌年的1957年，成立了東南亞神學院協議會（ATSEA）。一直發展到1966年，就聯合15個神學院，設立了東南亞神學院校聯合協會，建立並授與神學碩士課程與學位。

正當1965年，台灣基督長老教會忙著慶祝『福音來台百週年』的行事期間，黃彰輝也忙於準備離開台南神學院及考慮善後的問題。他於1965年7月27日寄出給朋友們的信裡面，說他己經接受了以倫敦為據點的神學教育基金會（Theological Education Fund）副主任的職位。因為是從事於神學教育方面的工作，他在信中說很希望能夠屢次回到亞洲這一邊來。這一點，他的希望若是回台灣及台南神學院，他就錯了，因為從1965年11月離開了台灣，就被登上『黑名單』內。一直到1987年，經當時的副總統李登輝斡旋，特准他入境為止，整整22年，沒能踏上故鄉的土地。他有自由到世界，包括亞洲各地去，但是只有故鄉台灣不歡迎他回來，這是台灣人的悲劇。

黃彰輝所愛護的台南神學院，就由剛在紐約協和神學院完成神學博士課程的宋泉盛牧師接任。像黃牧師自己當台南神學院院長的時候，他才35歲，他的後任也很少壯，因為他也才36歲而已。當台灣基督長老教會的議長的他，也得要向台灣教會歷史的第二世紀作一個交代。所以黃牧師決意留到11月，到完成『共同進入第二世紀』的宣教策略會議後才離去。

拿著中華民國的護照是一件很麻煩的事，因為該國繼續與世界上的國家『絕交』，那些與『台灣』斷絕邦交的國家，就特別留意中國的交代，視『台灣』為不存於世界的國家，若不是刁難，就是拖延而不給簽証。黃彰輝經驗到如此多端的羞恥與不便，就於1966年6月開始，向英國內政部申請歸化。經過了一年，於1967年6月20日，才接到歸化的証書。在申請歸化的時候，他也申請將他的法定姓名改為Coe，大概最大的理由是因為從1937年到1947年的10年當中，他在英國廣為人們認識為Shoki Ko，而Coe可以保留Ko的（日本式的）發音。

1957年年底至1958年年初，在Ghana的Accra開國際宣教大會，要設立神學教育基金會時，授予了三個對於第三世界神學教育的託付。成立了基金會以後，該基金會將三個託付分做三個時期，以圖謀有效的進展。（參考黃彰輝主任幹事向1977年神學教育基金會最後一次1973年7月的年度報告）

第一時期（1958年－1965年），也是第一個託付：神學教育基金會的主要目標，就是在實際可能的範圍內，提高教育（神學）機構（院校）的學術水準。改進及加強本土的神學教育，促進地域性的責任，鼓勵發揮神學思考的創意，並引進高一層的學術水準與在職訓練，適合於所事奉的教會的需要。

第二時期（1965年－1971年），也是第二個託付：鑒於第一個託付有傾向於專求學術的精練的單面之嫌，第二個託付強調其主要方向為，尋求出自認同當地的社團與狀態者。所求的神學的精練．就是能引導學生面對福音時，有出自自己的思考方式與文化背景而來的遭遇，如此，能產生教會與其環境之間活生生的對話。這個託付，要求教學的人與學習的人，同樣在各教會的文化與宗教處境的實況中，得更深的了解，因而能深切理解自己為宣教團體受派遣進入世界，在社會的生活裡，作更有效的交往。

第三時期（1971年－1977年），也是第三個託付：繼續探討純粹出自本土的實況化的路途，以求神學教育的更新與改正。在這時期，神學教育基金會盡其全力於發掘第三世界的神學教育所給予普世教會的新鮮創意與希望。

黃彰輝在神學教育基金會工作的最初6年期間（1965年－1971年），主任是James F. Hoppwell，而總辦公處仍然是設在紐約。在英國Bromley, Kent的副辦公處是由他負責管理。除了Hoppwell與黃彰輝以外，還有三位幹事。每一個人都負責一大洲，如：非洲、南美洲、歐洲、北美洲。黃彰輝的主要負責區域是亞洲、澳大利亞、及太平洋地區。因為工作上需要訪問神學教育的施設，一年裡，黃彰輝大約有一半以上的時間是在外地跑。

1969年9月，普林斯頓神學院院長James I. McCord以世界歸正教會聯盟主席身份，代表常置委員會，邀請黃彰輝牧師做該會的總幹事。因為黃牧師對於神學院及神學教育的專注，又對於教會政治沒有特別的鐘愛；另一個大理由，就是他不願意再一次與家庭分居。自從1965年，他與慰爾就已在Seaford買了一座房子，叫做『The Bye』。回顧自1959年到1965年的6年間，與家庭分離於兩個國家裡，他真不願意搬去日內瓦，讓他的家庭再來一次的痛苦調適。他就快快回信婉謝這一個邀請，如此，他就留下做副手的工作。

1971年8月，黃彰輝被選為神學教育基金會的主任，從此，他就負責總攬亞、非、南美洲的神學教育與神職訓練事工之提昇。雖然他高居主管總攬的地位，仍保留東北亞（日本、韓國）的事工為地區性的指導對象。

1971年至1972年之間，黃彰輝毫不猶豫地，就聘請了非洲的神學教育家圖屠與女性的神學教育家周藤，做他的副手，與前主任所留下來的兩位副主任，他的副手一共是四位。他們被各分派負責輔助拉丁美洲與中東（Ahron Sapsezian），南亞、南太平洋、加利咯比區（Jun Bergquist），東南亞及東南亞基金（周藤），非洲與馬達加斯加（圖屠Desmond Tutu）。這一段時期，真是神學教育基金會的全盛期，除了主任，四位副主任以外，一共有14位工作人員在神學教育基金會裡工作。

1975年7月，因為圖屠牧師受他的教會邀請，出任非洲人在南非的約翰尼斯堡第一位主教大教會的主任。黃彰輝與圖屠都視這邀請是一大挑戰，同時也是困難、勞苦重重在前等待著他的前兆。他們終於同意圖屠離去神學教育基金會，而邁向爭取非洲黑人的平等與廢棄人種歧視的運動裡去。如此，圖屠就離開神學教育基金會的職務，而舉家搬回約翰尼斯堡。圖屠大主教於1984年受選獲得諾貝爾和平獎。

在70年代黃彰輝負責東亞區域中包括韓國的神學教育在內。那時期韓國的教會受到了朴正熙政權的壓迫、折磨與阻撓。1975年4月，全國教會協會總幹事、韓國神學院的文教授被逮捕，延世大學神學院的前教務主任被投入牢獄8個月後被釋放。另有五位神學院教授（3位是延世大學，2位是韓國神學院）被迫停職。

在黃彰輝主任的75年度報告裡，他提及（雖然不關神學教育）整個亞洲的國家，除了日本不算之外，都是在專制的統治之下，連印度也進入了專制政權的集團裡面。

1976年的年會報告裡，黃彰輝主任報告圖屠前副主任於7月11日受封立做南非Lesotho地域的主教。

1976年2月，黃牧師與負責總攬拉丁美洲神學教育事工的副主任Dr. Aharon Sapsezian牧師，於9、10日一起參加在巴西聖保羅召開的神學教育新方法嘗試會，然後計劃到南美其他的地方訪問。筆者讀到他也利用工作上的行程配合，而作台灣人自決運動的巴西支部籌備會的事工。

1977年7月31日，是黃彰輝主任結束神學教育基金會主任一職之日。他將在英國的Bromley, Kent的辦事處終結，好讓新的機構，稱做神學教育輔導會（PTE，Programs of Theological Education）從8月1日開始，而由Dr. Aharon Sapsezian牧師接棒。該事工的辦公處也從英國搬到日內瓦去。是日起，黃彰輝就擔任神學教育輔導會的顧問，他的正式的辦公處也搬到日內瓦，但是他除了到亞洲及世界各地去出差，及定期往日內瓦『上班』以外，也可以回到倫敦與Seaford的家，繼續辦公，並與日內瓦聯絡，辦理事務。以後的兩年裡，他卸去了主任的重擔，就輕鬆得多了。

依照黃彰輝主任的1977年度報告（1977年7月），從1971年開始的第三階段託付，在開始的時候，承接了約美元$760,000沒指定的，與美元$1,700,000指定的基金款額。從TEF（基金）留下，交給PEF（輔導金）的金額沒有指定的約有美元$700,000，而指定的約有美元$750,000款額。從基金會開始的1958年至1977年的約20年期間，總收支大約是一千三百萬美元，為了第一階段託付（1958年－1964年）約有美元$5,600,000收支，為了第二階段託付（1965年－1970年）約有美元$4,000,000，第三階段託付（1971年－1977年）約有美元$3,300,000。在他的報告裡，黃主任提及在他做主任的期間，放款幫助了約700個第三世界正在成長途中的地區裡，有關神學教育的事工。