馬偕日記揭開了早期在三重埔設教的經過。「三重埔」在清代所指甚廣,就是後莊圳以東至淡水河區域的統稱。地名由來就是第三段未墾埔地之意,二重埔就在三重埔之西方。而馬偕所設三重埔教會,位於基隆河下游南岸,今南港,
據馬偕1873年11月6日日記,他準備在三重埔設教,因此在三重埔繼續有一禮拜的佈道,而有許多鄉下人來聽,1874年正月下旬,馬偕等人到三重埔佈道,見反對人眾,但愈加努力傳播其名,2月24日馬偕等人再往三重埔傳道,並把泥土攪成泥漿敷在禮拜堂牆壁,大家獻工協助建堂。
1874年3月1日,三重埔禮拜堂竣工,舉行儀式,會友一個接一個起來見証,各講了5分鐘,下午晚上都有聚會。禮拜堂是土壁,裡面塗灰,屋頂蓋草,看起來非常清幽。馬偕致母會的報苦述(見The
Home and foreign Record of the Canada Presbyterian Church,l874,
p.243):在五股坑東若干哩有叫三重埔(San
teng po)的地方,完全由會眾出資,建竣了一小教堂。我曾對眾人說,如真地要事奉活活的神,就要信主耶穌,不怕迫害或死,並建立神的殿(build
a house to the Lord)。數週前我探訪該地信徒的家,發現父母都將福音教示孩子們。也見了很多兒童,都會唱美麗的聖詩。不過不像西方能看女孩在外面出現。禮拜日,我注意到有父、子、孫、甚至曾孫坐一排,吟詩讚美主。感謝主,在如此迫害污穢的世上,他在祝福其事工。
嗣後偕牧師也常來三重埔做醫療及佈教。例如,據日記,於1877年9月1日,馬偕和嚴清華到三重埔,(翌日是禮拜))就給31人施洗,並設立3名長老,1名執事。【按:1877年9月2日所設立的長老是:五股坑人陳炮(參見《教會史話》 254、157),水返腳人陳天及大龍峒人陳願(參見《教會史話》 286)。這3人是北部首批受設立的長老也。]
三重埔教會設於南港,會友來自錫口(松山)、南港、水返腳(汐止)等地。1875年9月25日錫口設教會,錫口會友離去。留下會友,南港及附近者不多,而自水返腳來者為多,水返腳南港相距有6公里,水路用木船下基隆河,陸路石頭路步行昊天嶺,馬偕得會友之同意,遂於1882年1月2日將三重埔教會的設備(桌椅等)搬至水返腳,先假蘇六吉店鋪(今汐止鎮中正路51號)設立教會,傳道高振亦隨而轉去。南港再設立教會是於1928年。