新店有教會是1874年7月26日起。馬偕在其傳道記（From
Far Formosa，p．l54-156），記述其經緯如下：
新店距淡水的18哩，是一個背山熱鬧的鄉鎮。最初有個居民到淡水聽了道，回去轉告鄉民，因此有幾個人就來聽道，也跟著我們到處旅行，最後也就勸我們該到新店去。我們到新店時，鎮內人山人海，正在舉行廟會。許多人沒有看過英國人（An
Anglo-Saxon），就紛紛叫喊：「番仔，洋鬼子」（Barbarian！
Foreign devil！），忽然有人造謠大喊：「洋鬼子打傷了一個男孩」，群眾湧向一處，同時聽到怒聲說：「打死他！打死洋鬼子！他並不很高啊！」。我勉強擠過去看那男孩子，他真的頭上受了傷，而流血不止。幸好當時我帶了外科儀器，就地給他治療，用手帕把創口包好。眾人就起讚聲：「好心！好心！」
幾天之後，又有個老人跌倒在石塊上受了傷。我的一個學生把他扶到樹蔭下，予以治療，民眾也稱讚道：「好心，好心！」。因此民眾對我們的態度漸漸親善，而且有一對夫婦甘願將一間房子給我們做禮拜之用。聽道的人增加，需要建一個教堂了。有個老婦卻很頑固，威嚇說：如果一定要建造教堂，她將用石頭打死我們，我們不理她，毅然興工，用粗石建了一座堅固的教堂......。
新店設教前後的會友有何人？郭水龍牧師1881-1970）有一文記載教會沿革（「臺灣教會公報」595號，1934年10月刊），略云：設教前新店已有信徒，就是曾恩（參見《教會史話》 298），林瓊（Kheng），雨傘金龍、斐伯。曾恩，水返腳人，信主后搬來新店屈尺山后種茶。雨傘金龍在唐山信主渡海過來的。此2人約朋友到五股坑做禮拜，禮拜六就去，禮拜日下午返新店。後來就去南港三重埔做禮拜。時高霞嫂有店面租給景尾人，這人退租，不過店口仍掛一關帝爺的貼像，她不敢再另租給別人。曾恩等人就勸高霞聽道理，也請偕牧師來，偕牧師就租此店做禮拜堂，並派嚴清華做傳道。
郭水龍續述：嚴清華之後，換蔡生、吳寬裕、林孽來當傳道，信者增加，及教者也甚多，要購地不易，最後偕牧師就將新店溪邊，糞掃窟人所不用的地，購來建了禮拜堂。
馬偕日記載：1884年3月30日，新店教會新堂竣工，會友們極為興奮，為此曾宰1隻牛2隻豬宴客，有51人受洗，163人守聖餐，五百餘人來禮拜。
