17世紀前葉荷蘭及西班牙曾對峙於台灣南北部之局勢是一饒趣味之事.,兩強不但在政治上、經濟上力鬪外,在宗教上也分屬兩方,一屬於新教(改革派,稱歸正教會),一屬舊教(天主教),而兩者皆想在東亞新天地擴張其教勢。
當荷人知悉西人佔領雞籠大為震驚。1629年2月10日,荷蘭長官奴易玆(Pieter
Nuyts)向公司中樞申報略稱:「西人佔據北部台灣,勢將種下不斷災害的財源;吾船隻赴漳州貿易者,受極大威脅,他們或將驅使原住民及華人反抗我們…」,內而主張早日訴諸武力徹底打擊西人。然荷方不久與日人發生棘手之爭執,麻豆、蕭壠等社亦叛,荷人久無力兼顧北征。
至1641年8月,荷蘭台灣長官(Paulus
Traudenius)。始派林迦(Johan
van Linga)帶兵赴雞籠,向守將波爾的里奧(Gonsalo
Portilio)勸降,守兵不屈。翌年8月荷軍再來,其艦隊共載兵員690名、另有水夫奴隸等,由哈勞哲(Hendrick
Harouse)指揮.,分攻淡水及雞籠,於26日西班牙官兵遂投降,而西班牙入
侵據台,到此告終。其統治自1626年起,只有16年。
開城迎降時,雞籠的宣教師有基洛斯(Theodore Quiros,駐基毛里San
Luis Beltran堂) 安赫列士 (Juan
de los Angeles,駐雞籠諸聖堂)、被特洛路易士(Pedro
Luis del Rosario,助修士)等。另有神父沙倍斯(Pedro
Chaves),本被任命將前往,三貂角聖老楞佐堂,自福州至淡水航海中為荷人所俘。
雞籠淡水,自大員(安平)確實路途遙遠,荷人勉強駐兵守備,但因宣教師數有限,遲遲未能從事傳教及教化。據「早期荷蘭佈教史科類纂」,1648年11月長官俄巴瓦達官(Overtwater)致東印度總督函略稱:「自有任命雞籠或淡水教師之議,已逾四年,仍未見有一宣教師前來,並未見荷人勤於教務、教子弟習教理或施洗禮,致使住民懷疑荷人是否為真正基督徒。相反地,北部住民却瞭解西班牙語,並持有教義書」(見「荷蘭治下之台灣」230-231頁)。1654年2月,台灣評議會致東印度總督函云:「天主教士曾使多數原住民改信,在淡水、雞籠地方住民希望吾牧師施以教化」,是函希望在台灣派有7名宣教師(見「荷蘭治下之台灣」291頁)。1655年自巴達維亞新抵台的牧師5人,馬修司(Marcus
Masius)被任命為淡水雞籠宣教師,從事新的傳道與教化(見同書299頁)。其教化成績如何不詳。馬修司當1661年鄭成功攻台之時,迅速撤離雞籠,搭船經日本安然返抵巴達維亞。