1868年12月2日，興泉永道曾憲德與英署領事吉必勳(John Gibson)閒協議成立，教堂被毀壞者得賠償，傳教者或租屋或往某處均聽其自便：換言之，傳教之權受確認。情勢大變，於是馬雅各醫生就忙於善後處理及新部署了。
同年12月21日（舊曆11月8日），為了要會審鳳山縣下鬧事罪犯，領事郁和（Robert Swinhoe）署領事吉必勳，由英艦Rinaldo號艦長C. Scott卿及兵員40名陪同下赴埤頭(鳳山)。馬雅各醫生也同行，是為了要實地查考擾亂結果，應備諮詢，尤其要避免讓知縣作虛偽的陳述。知縣為了要救部屬，曾用巨款找「替死鬼」。一行人滯留埤頭前後4天，曾憲德主審下，多名罪犯被判杖枷徒流，而殺死莊清風主犯周忠於24日斬決抵命。（以上參見The Messenger, April 1869, p.86-87及《教務教案檔》同治7年檔）。
馬雅各醫生覺得台灣宣教之原先目標，既然是台灣府城（台南），便不再猶豫了，24日自埤頭返旗後，25日晚上就帶吳文水及高長上船，翌日清早抵安平，得了一對老夫婦之好意，住他們家，每日四處找房屋可充宣教中心。此位安平好心老人，後來成為府城最早受洗者7名之一[參見《教會史話》 135]。
馬雅各醫生對旗後埤頭之醫務，及教務也作了妥善的安排。至1868年年底為止，成立的教會有旗後及埤頭（禮拜堂被搶毀，待修建）。三塊厝佈道所（租屋）已放棄，而阿里港有若干慕道友，但教會未成立。進教人數，於1866年有4名，1867年有6名，1868年有9名，一共有成人19名。另有兒童5名（均於1868年受洗）。再加上福建已受洗的陳子路、吳文水及自廈門來台養病之盧良，並減去死亡者（如莊清風，1868年間2名死亡）在籍會員共有成人19名，兒童5名。李庥牧師夫婦於1867年12月13日抵台，在台有一年的時間，對當地情形已有相當的瞭解，而本地語言他勉強可應付，所以就託他專權負責旗後埤頭及今後鳳山縣下所有的教務。[府城教務及醫務由馬醫生負責，唯問道理、施洗及聖餐，請李庥牧師來主持]。醫館醫務，馬醫生就託海關任職的萬巴德醫生（Dr. Patrick Manson）來兼務，一般館務委配藥黃嘉智負責，而黃嘉智也與李庥牧師分擔講道理了。
如此安排之後，宣教中心分二，一在府城，一在旗後；而兩中心到了1877年才歸併為一，府城終於成為南部教士會之所在地。
