禮拜堂是敬拜上帝的會所，是福音的宣揚處。首任宣教師馬雅各是醫生，他的開拓很自然地將醫療與教會事工密接結連。雖然同樣地以福音傳播為目的，但教堂與醫館的機能有所不同。馬醫生在府城二老口設立宣教基站之後，與醫館分開另設立禮拜堂於亭仔腳街，表示台灣教會的成長，正邁出一大步。
亭仔腳禮拜堂何時開設呢？就是府城第一批施洗（1869年6月27日）與第二批施洗（1869年9月12日）之間，可以說是1869年7、8月間。地點在府城亭仔腳街，面對熱鬧的街路，前廳為民眾而大開，經常有佈道及談道，內廳設有聖餐桌椅，後面為傳道者的住處，吳文水長老首任傳道，兼管顧教堂。有後門通於狗屎巷。
1869年9月14日馬雅各醫生致函母報告略云：前禮拜日（9月12日；有人作9月5日誤也），李庥牧師前來主禮，施洗5名（男4、女1），其中女的就是馬醫生的女庸、木柵的Nhauh-a。……醫館有住院患者26名，近滿額，外來患者約有60名，醫生在週一、週三、週五看外來患者。下午有時醫生也會到街上的禮拜堂（Chapel
in the Street，就是亭仔腳禮拜堂）講道。他經常參加醫館上午及晚間的崇拜。但一週有4晚會參加街上禮拜堂（Street
Chapel）的崇拜，而禮拜日有全日的講道（The
Messenger, December 1869, p.290）。馬醫生曾在7月8日函，報告首批7名受洗及醫館近況（時有22名住院患者），但未提到街上的禮拜堂。有了亭仔腳禮拜堂之後，府城會友就經常出入於亭仔腳；二老口禮拜並立，但較多為附近會友及醫館病患所用。
或者在此，我該提李豹與亭仔腳教會的一段因緣。李豹是鹽水港南溪人，曾是戲班的後棚（歡樂唱曲），好賭不能自拔，一日路過府城亭仔腳街，聽吳文水傳道正談所多瑪和蛾摩拉因罪惡滿貫被上帝毀滅（Sodom
and Gomorrah，創世記第19章），也聽耶穌贖世人罪惡，遂接受吳文水的引領。1869年9月12日，李豹與Ngauh-a、周步霞、趙爵祥、王安社（？）共5人，由李庥牧師領洗。經過短期訓練之後，李豹受派到木柵，但不久就灰心回來府城，再操舊業。一日李豹忽自戲棚墜落，以為上帝之警告，乃再到亭仔腳禮拜堂徘徊，不敢進大門，轉小巷後門，聽到裡有聲音，就是吳文水及趙爵祥為李豹在代禱。李豹大受感動，從此跟隨主之心志不再搖動（見「台灣的巴克禮」、「台灣信仰名人略傳」等）。
