1865年6月16日,馬雅各醫生在府城大西門外看西街設醫館兼佈道所。據必麒麟(W.
A. Pickering))述:醫生使用奎寧及白內障和切除腎結石手術上所完成的神奇治療,不久就從全島各地吸引無數的病人來。但是這種成功引起了本地醫生們的仇恨和反對,傳出了洋醫生殺害漢人取腦挖眼晴去製造鴉片之謠言……。7月9日眾包圍醫館,情況危急,遂被迫3日內必須離開,而轉住旗後(參見《教會史話》 104及105)。
在旗後,初馬醫生仍採「禮拜堂兼診所」模式,然經過1年多之後,於1866年9月,就在禮拜堂對面,另設一所可容八名患者的醫館,而「就醫的許多患者,也有來自澎湖者」云(參見《教會史話》 110及112)。1867年7月在鳳山縣治埤頭購屋作禮拜堂兼藥房,但被暴徒搶奪,重建後又受搶毀,謠言洋人挖墓取屍眼、殺死嬰孩、剖心肝、放毒藥,影寫的當然是馬醫生為主。他竟至被誣賴殺人埋骨(參見《教會史話》 120及124)。
1869年馬醫生返府城,在二老口設醫館(參見《教會史話》 134)。顏振聲在「南部教會傳道史」云:馬醫生有了3年多經驗,臺語說得好,而存愛心。很多患者是重病的,或是將要移舖(傾廳)的,或是外科腐骨、臭腳爛手腸塌、橫產等,而這些人來受醫生手術醫治好了,就到處傳名說聲,因此遠近來就醫者日多。自安平、大灣、埔姜頭(永康)、總頭寮(安順)、新市、頭社;內山:自拔馬(左鎮)、木柵、岡仔林、柑仔林;北路:番仔田、岩前、關仔嶺、吉貝耍、嘉義、大社、烏牛欄(愛蘭)、牛眠山、大湳等地方的人來就醫、聽道理,以後回到故鄉,作了福音的種子,做後來建設教會的份子。
當馬醫生返駐府城時,他將鳳山縣屬—高屏地區的諸教會託李庥牧師負責牧養。從此馬醫生除府城教務醫務外,注重了平埔族傳教、常訪新市、拔馬、岡仔林、柑仔林等屬西拉雅(Siraya)族社。與屬洪雅(Hoanya)族—如岩前、嘉義等亦有接觸,而其名聲傳到中部巴宰族(又作巴則海,Pazeh)更需特筆。
1870年大社2青年受雇於必麒麟,傳遞信件前往府城,得知有高明的醫生及新的道理;返社時攜回了「養心神詩」及新約散本;而同年烏牛欄社人開山武干打獵時受傷,慕馬醫生名前往府城就醫,就是大社及埔社接受福音的開端(詳情參見《教會史話》 203)。